প্রোটিন (Protein) হল এক প্রকারের বৃহৎ জৈব অণু কিংবা বৃহদাণু, যা এক বা একাধিক দীর্ঘ অ্যামিনো অ্যাসিড উদ্বৃত্তের শৃঙ্খল নিয়ে গঠিত। প্রোটিনগুলি জীবদেহের ভেতরে বিশাল সংখ্যক কার্য সম্পাদন করে, যেমন বিপাকীয় বিক্রিয়াসমূহের অনুঘটন, ডিএনএ প্রতিলিপিকরণ, উদ্দীপকের প্রতি সাড়াদান, কোষ ও জীবদেহে কাঠামো প্রদান, এক স্থান থেকে অন্যত্র বিভিন্ন অণু পরিবহন, ইত্যাদি। প্রোটিনগুলিকে একে অপরের থেকে মূলত তাদের অ্যামিনো অ্যাসিডের অনুক্রমগুলি দ্বারা পৃথক করা যায়। এই অনুক্রমগুলি আবার প্রোটিনগুলির বংশাণুগুলিতে অবস্থিত নিউক্লিওটাইড অনুক্রম দ্বারা শাসিত হয়। সাধারণত প্রোটিনের অ্যামিনো অ্যাসিডের অনুক্রমগুলির কারণে প্রোটিন ভাঁজকরণ সংঘটিত হয়ে সেটির একটি সুনির্দিষ্ট ত্রিমাত্রিক কাঠামো সৃষ্টি হয়, যা সেটির কর্মকাণ্ড নির্ধারণ করে। একটি অ্যামিনো অ্যাসিড দীর্ঘ শৃঙ্খল যা পলিপেপটাইড নামে পরিচিত।
একটি প্রোটিনে অন্তত একটি লম্বা পলিপেপটাইড চেইন থাকে। ছোট পেপটাইড চেইন যাতে ২০-৩০ টির কম অ্যামিনো অ্যাসিড অবশিষ্টাংশ (amino acid residues) থাকে তাকে অনেক সময় প্রোটিন না বলে পেপটাইড বা অলিগোপেপটাইড নামে অভিহিত করা হয়।