উপপ্রজাতি (ইংরেজি: Subspecies, subsp. বা ssp.) শ্রেণীবিন্যাসবিদ্যায় প্রজাতি পরবর্তী পদবি বা একক। উপপ্রজাতি বলতে কোন একটি নির্দিষ্ট প্রজাতির মোট সদস্যসংখ্যার এমন একটি অংশকে বোঝায় যাদের আবাস প্রজাতিটির পুরো বিচরণস্থলের একটি নির্দিষ্ট অংশে সীমাবদ্ধ এবং যাদেরকে প্রজাতিটির অন্যান্য সদস্যদের থেকে নির্দিষ্ট বৈশিষ্ট্যের ভিত্তিতে আলাদা করা যায়। কোন একটি প্রজাতির অধীনে কমপক্ষে দু'টি উপপ্রজাতি থাকতে হবে। কারণ একটি নির্দিষ্ট বৈশিষ্ট্যের ভিত্তিতে উপপ্রজাতি সৃষ্টি করতে হলে তুলনীয় আরেকটি উপপ্রজাতি অবশ্যই লাগবে। যে সকল প্রজাতির কোন উপপ্রজাতি নেই, তাদের বলে একপ্রজাতিক। তবে পৃথিবীতে একটিমাত্র উপপ্রজাতি থাকতে পারে যদি প্রজাতির অন্যান্য উপপ্রজাতিগুলো বিলুপ্ত হয়ে যায়; যেমন: হোমো স্যাপিয়েন্স স্যাপিয়েন্স।
একই প্রজাতির আলাদা উপপ্রজাতির অন্তর্গত জীবসমূহ নিজেদের মধ্যে প্রজননের মাধ্যমে প্রজননক্ষম বংশধরের জন্ম দিতে পারে। তবে প্রকৃতিতে এমনটি খুব কমই ঘটতে দেখা যায়। তার প্রধান কারণ হল, ভিন্ন উপপ্রজাতির অন্তর্গত জীবেরা ভৌগোলিকভাবে বিচ্ছিন্ন, অর্থাৎ এরা ভিন্ন ভিন্ন ভৌগোলিক অঞ্চলে বসবাস করে। দু'টি উপপ্রজাতির একই এলাকায় সহাবস্থান প্রকৃতিতে একটি বিরল ঘটনা।
নির্ধারক বিষয়সমূহ
প্রধানত দু'টি বৈশিষ্ট্যের উপর ভিত্তি করে উপপ্রজাতিসমূহ আলাদা করা যায়। বৈশিষ্ট্য দু'টি হল: শারীরিক গঠন ও ডিএনএ-র ক্রমবিন্যাস।
শারীরিক গঠন
উপপ্রজাতিসমূহের শারীরিক গঠনের পার্থক্য দুইভাবে বিচার করা যায়: পরিমাপগত বিভিন্নতা ও দৃশ্যমান বিভিন্নতা। যখন একই প্রজাতির দু'টি সদস্যের মধ্যে গড় দৈর্ঘ্য, গড় ওজন, লেজের দৈর্ঘ্য, পাতার দৈর্ঘ্য, গড় গর্ভকাল ইত্যাদি পরিমাপগত পার্থক্য দেখা যায়, তখন তাদের দু'টি ভিন্ন উপপ্রজাতির অন্তর্গত বলে বিবেচনা করা হয়। এই উপপ্রজাতিকরণের ভিত্তি হল পরিমাপগত বিভিন্নতা। এছাড়া দৃশ্যমান পার্থক্যের কারণেও নতুন উপপ্রজাতির সৃষ্টি হতে পারে। হয়তো দেখা গেল কোন একটি প্রজাতি পাখির এক অঞ্চলের সদস্যসমূহের ডানার রঙ নীল, আরেক অঞ্চলে তা সবুজাভ নীল। কোন এক প্রজাতির বাঘের এক অঞ্চলের সদস্যসমূহের লেজের বলয় ১১টি, অপর অঞ্চলের সদস্যসমূহের বলয় ১৩টি। এসকল দৃশ্যমান বিভিন্নতার কারণে নতুন উপপ্রজাতির সৃষ্টি হয়।
আবার জীনের মিউটেশনের কারণে একটিমাত্র জীবকে ভিন্ন বলে উপপ্রজাতি ঘোষণা করা যাবে না। এক্ষেত্রে জীবটির ভৌগোলিক আবাস ও জীন মানচিত্র পর্যালোচনা করে তার উপপ্রজাতি নির্ধারণ করতে হবে।
ডিএনএ-র ক্রমবিন্যাস
আবার যখন দু'টি সদস্যের জীন মানচিত্র পর্যালোচনা করে দেখা যায় যে তাদের ডিএনএ-র ক্রমবিন্যাস ভিন্ন, তখন তাদের আলাদা আলাদা উপপ্রজাতির সদস্য বলে গণ্য করা হয়। কখনও কখনও এমনটি দেখা যায় যে উপপ্রজাতির দু'টি সদস্য শারিরীক গঠনের দিক থেকে হবহু এক, কিন্তু ডিএনএ-র ক্রমবিন্যাসের ভিন্নতার কারণে তারা ভিন্ন ভিন্ন উপপ্রজাতির আওতায় পড়েছে।
একপ্রজাতিক ও বহুপ্রজাতিক প্রজাতি
যেসকল প্রজাতির জীবকে আর অন্য কোন ছোট এককের মধ্যে ফেলা যায় না, তাদের একপ্রজাতিক জীব বলে। এক্ষেত্রে প্রজাতিটির সকল সদস্য দেখতে একই রকম এবং সেজন্য এদের অন্য কোন ছোট ভাগের বিভক্ত করার কোন প্রয়োজন পড়ে না। এদের মধ্যে যেকোন ধরনের বৈচিত্রের হার খুব কম ও অনিয়মিত। এদের মধ্য জীনের প্রবাহ খুবই নিয়মিত।
অপর দিকে, যে সকল প্রজাতির একাধিক উপশ্রেণী রয়েছে, তাদের বহুপ্রজাতিক জীব বলে।